功能蛋白质结构与调控实验室

一、科研团队成员:

1、学科带头人简介

 

邓诣群,广东省“珠江学者”特聘教授、华南农业大学生命科学学院院长、教授、博士生导师。
2008年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”及广东省高校“千百十工程”省级培养对象,荣获第十三届“广东青年五四奖章”及第十一届广东省丁颖科技奖。兼任中国生化与分子生物学会农业分会理事,International Journal of Biochemistry and Molecular Biology 编委。2002-2007年在美国康奈尔大学医学院生化系从事博士后研究,在Cell,PNAS,Structure等国际知名期刊发表多篇论文。

邓诣群教授主要研究方向为蛋白质结构与功能、DNA损伤应答机制研究,专注于畜禽体内代谢关键酶的研究,为畜禽产品安全控制提供理论依据及技术支撑。回国后先后主持科技部“973”课题、国家自然科学基金等科研项目,以通讯作者身份已在Molecular and Cellular Proteomics,Journal of Biological Chemistry等发表9篇SCI论文,总影响因子34。

2、团队成员简介

 

蒋珺女,30岁,博士,华南农业大学生命科学学院助理研究员。
2009年毕业于中国科学院水生生物研究所,获遗传学博士学位。2009年-2011年,在华南农业大学生化与分子生物学系从事博士后工作,期间分别获得博士后科学基金面上资助和特别资助,并以高级研究助理身份赴香港李嘉诚医学院解剖学系进修。在博士后研究期间,首次揭示猪CYP3A46能催化T-2毒素发生3’-羟化反应。

目前,主要从事猪、鸡细胞色素P450氧化酶(特别是参与T-2毒素代谢的细胞色素P450氧化酶)的功能、结构及表达调控机制研究。在蛋白表达纯化、酶动力学分析、启动子活性检测等方面有着丰富的研究经验。累积发表SCI论文14篇,其中第一作者论文5篇,累积影响因子超48。

  吴骏华南农业大学生命科学学院讲师。

2006年7月毕业于武汉大学生命科学学院生物化学与分子生物学专业,获理学博士学位。同年9月进入华南农业大学生命科学学院。目前主要从事外源化合物在畜禽体内代谢关键酶的筛选、确定及功能和结构研究,熟悉真核酵母及原核大肠杆菌表达系统,在蛋白的表达、纯化,基因的定点突变,酶促反应动力学,药物与蛋白的相互作用等方面具有较为丰富的研究经验。

陈庆梅,华南农业大学生命科学学院讲师。

2007年6月毕业于中国药科大学微生物与生化药学专业,获理学博士学位。同年7月进入华南农业大学生命科学学院。

  王利娟华南农业大学生命科学学院实验师。

2008年7月毕业于暨南大学生化与分子生物学专业,获硕士学位。同年7月进入华南农业大学生命科学学院。

  母培强,华南农业大学生命科学学院生化与分子生物学系博士后。

2011年中山大学生命科学院遗传学专业毕业,获博士学位。

 

二、团队研究方向

蛋白质工程、蛋白质结构与功能

DNA损伤应答机制

动物生理生化

 

三、团队研究兴趣

1、畜禽产品中有害物质形成机理和控制的基础研究

以养殖业大量使用的饲料药物添加剂喹噁啉类和严重污染饲料的霉菌毒素镰刀菌毒素为代表化合物,以国内养殖量和消费量最大的猪和鸡为模式动物,针对畜禽产品中有害物质的形成机制及毒害作用展开研究,揭示有害物质的化学特征、生物学特征,阐明畜禽产品有害物质控制的对象、科学原理和技术途径。重点研究有害物质在畜禽体内代谢转化的关键酶的结构、功能及表达调控。

 

2DNA损伤信号转导中RNF8-UBC13泛素连接酶复合体组装的调节机制研究

维持基因组的稳定对于细胞存活和肿瘤抑制至关重要。哺乳动物细胞主要通过DNA损伤应答(DNA damage response, DDR)蛋白网络来察觉DNA损伤,激活下游信号通路,并最终导致细胞周期阻滞及DNA修复。DDR调控的异常将会导致基因组的不稳定及肿瘤发生。可调节的泛素化过程正逐渐成为对抗遗传毒性的关键防护机制,由RNF8(泛素E3连接酶)和UBC13(泛素E2结合酶)组成的DDR-泛素连接酶复合体在维持基因组稳定性的过程中起到了关键作用,其作用机制是通过放大DNA损伤信号来实现的。重点研究RNF8-UBC13复合体的生物物理和结构特性;RNF8-UBC13相互作用的突变分析;明确DNA损伤修复中RNF8-UBC13复合体形成的调节机制。

 

四、主要学术成果

1、基于T2毒素处理后猪原代肝细胞基因和蛋白表达谱的变化,首次证实猪细胞色素P450氧化酶3A223A46T-2毒素的生物转化中(3’-羟化)发挥重要作用。

2、确定了乙酰甲喹在猪体内发生氮氧还原、羰基还原及羟化代谢的关键酶分别是醛氧化酶、羰基还原酶1及细胞色素P450氧化酶3A22,并揭示喹赛多在猪肝细胞中存在酶促及非酶促两种氮氧还原反应机制。

3、阐明乙酰甲喹通过代谢产生活性氧导致DNA损伤,从而发挥其遗传和细胞毒性的作用机理。

4、揭示了泛素连接酶环指蛋白8在调控DNA损伤应答过程中起关键作用。

 

五、团队在研项目

1、猪细胞色素P450氧化酶3A22的催化机制及表达调控研究,教育部高等学校博士学科点专项科研基金博导类课题(20114404110010),2012-2014(邓诣群)

2、猪关键代谢酶CYP3A22的功能、结构及表达调控机制,国家自然科学基金面上项目(31172087),2012-2015(邓诣群)

3、黄曲霉毒素在猪体内代谢的关键细胞色素P450氧化酶的筛选、确定及催化机制研究,国家自然科学基金青年基金(31101852),2012.1-2014.12(吴骏)

4、猪CYP3A46CYP3A22T-2毒素羟化代谢中的功能研究,中国博士后科学基金特别资助第4批(201104362),2011.4-2012.9(蒋珺)

5、黄曲霉毒素在畜禽体内代谢活化的分子机制及其调控,广东省高等学校高层次人才项目,2011-2013(邓诣群)

6、受试化合物在畜禽体内代谢关键酶的功能及结构研究,国家重点基础研究发展计划(973计划)课题(2009CB118802),2009-2013(邓诣群)

 

六、发表论文(* corresponding author):

2008-2012:

1.         Xianqing Tang, Peiqiang Mu, Jun Wu, Jun Jiang, Caihui Zhang, Ming Zheng, and Yiqun Deng*. Carbonyl Reduction of Mequindox by Chicken and Porcine Cytosol and Cloned CBR1. Drug Metabolism and Disposition 2012 Apr; 40(4): 788-795. (IF 3.716)

2.         Jing Liu, Man Ouyang, Jun Jiang, Peiqiang Mu, Jun Wu, Qi Yang, Caihui Zhang, Weiying Xu, Lijuan Wang, Michael S.Y. Huen, Yiqun Deng*. Mequindox induced cellular DNA damage via generation of reactive oxygen species. Mutation Research-Genetic Toxicology and Environmental Mutagenesis 2012 Jan; 741(1-2): 70-75. (IF 2.938)

3.         Ming Zheng, Jun Jiang, Junping Wang, Xianqing Tang, Man Ouyang, Yiqun Deng*. The Mechanism of Enzymatic and Non-enzymatic N-oxide Reductive Metabolism of Cyadox in Pig Liver. Xenobiotica 2011 Nov; 41(11): 964–971. (IF 2.707)

4.         Jianshe Wang, Jun Jiang, Hongxia Zhang, Junping Wang, Hua Cai, Cheng Li, Kangbai Li, Jing Liu, Xuejiang Guo, Guangxun Zou, Dazhi Wang, Yiqun Deng*, Jiayin Dai*. Integrated transcriptional and proteomic analysis with in vitro biochemical assay reveal the important role of CYP3A46 in T-2 toxin hydroxylation in porcine primary hepatocytes. Molecular & Cellular Proteomics 2011 Sept; 10(9): 10.1074/mcp.M111.008748, 1-18. (IF8.354)

5.         Shufeng Shang, Suiyi Tan, Kangbai Li, Jun Wu, Huina Lin, Shuwen Liu, Yiqun Deng*. Glu659Leu substitution of recombinant HIV fusion inhibitor C52L induces soluble expression in E. coli with equivalent anti-HIV potency. Protein Engineering Design & Selection 2011 Jul; 24(7): 545-551. (IF 3.023)

6.         Shirley M.-H. Sy, Jun Jiang, Sui-sui Dong, Gabriel Tsz-Mei Lok, Jun Wu, Hua Cai, Enoch S.L. Yeung, Jun Huang, Junjie Chen, Yiqun Deng*, Michael S.Y. Huen*. Critical roles of ring finger protein RNF8 in replication stress responses. Journal of Biological Chemistry 2011 Jun 24; 286: 22355-22361. (IF 5.328)

7.         Jun Jiang, Junping Wang, Hua Cai, Kangbai Li, Yiqun Deng*. CYP3As catalyze nifedipine oxidation in pig liver microsomes: enzyme kinetics, inhibition and functional expression. Catalysis Communications 2011 Mar 31; 12(8): 694-697. (IF 2.827)

8.         Jing Liu, Xiaohu Ge, Man Ouyang, Xianqing Tang, Jun Wu, Junping Wang, Jun Jiang, Michael S.Y. Huen, Yiqun Deng*. Catalytic characteristics of CYP3A22-dependent mequindox detoxification. Catalysis Communications 2011 Mar 10; 12(7): 637-643. (IF 2.827)

9.         Xiaohu Ge, Junping Wang, Jing Liu, Jun Jiang, Huina Lin, Jun Wu, Man Ouyang, Xianqing Tang, Ming Zheng, Ming Liao, Yiqun Deng*. The catalytic activity of cytochrome P450 3A22 is critical for the metabolism of T-2 toxin in porcine reservoirs. Catalysis Communications 2010 Nov 15; 12(2): 71-75. (IF 2.827)

10.     Jie Liu, Yiqun Deng, Qunnu Li, Antu K. Dey, John P. Moore, and Min Lu. Role of a putative gp41 dimerization domain in HIV-1 membrane fusion. Journal of Virology 2010 Jan; 84(1): 201-209. (IF 5.189)

11.     Dirk Eggink, Johannes P.M. Langedijk, Alexandre M.J.J. Bonvin, Yiqun Deng, Min Lu, Ben Berkhout and Rogier W. Sanders. Detailed mechanistic insights into HIV-1 sensitivity to three generations fusion inhibitors. Journal of Biological Chemistry 2009 Sept 25; 284(39): 26941-26950. (IF 5.328)

12.     Jie Liu, Yiqun Deng, Antu K. Dey, John P. Moore, Min Lu. Structure of the HIV-1 gp41 membrane-proximal ectodomain region in a putative prefusion conformation. Biochemistry 2009 Apr 7; 48(13): 2915-2923. (IF 3.226)

13.     Yiqun Deng, Jie Liu, Qi Zheng, Qunnu Li, Neville R. Kallenbach, Min Lu. A heterospecific leucine zipper tetramer. Chemistry & Biology 2008 Sept 22; 15(9): 908-919. (IF 5.838)

14.     Dirk Eggink, Christopher E. Baldwin, Yiqun Deng, Johannes P.M. Langedijk, Min Lu, Rogier W. Sanders, and Ben Berkhout. Selection of T1249-resistant human immunodeficiency virus type 1 variants. Journal of Virology 2008 Jul; 82(13): 6678-6688. (IF 5.189)

 

2004-2007:

1.         Jie Liu, Qi Zheng, Yiqun Deng, Qunnu Li, Neville R. Kallenbach, Min Lu. Conformational specificity of the lac repressor coiled-coil tetramerization domain. Biochemistry 2007 Dec 25; 46(51): 14951-14959. (IF 3.226)

2.         M. Porotto, P. Carta, Y. Deng, G. E. Kellogg, M Whitt, M. Lu, B. A. Mungall, and A. Moscona. Molecular determinants of antiviral potency of paramyxovirus entry inhibitors. Journal of Virology 2007 Oct; 81(19):10567-10574. (IF 5.189)

3.         Yiqun Deng, Qi Zheng, Thomas J. Ketas, John P. Moore, and Min Lu. Protein design of a bacterially expressed HIV-1 gp41 fusion inhibitor. Biochemistry 2007 Apr 10; 46(14): 4360-4369. (IF 3.226)

4.         Yiqun Deng, Qi Zheng, Jie Liu, Chao-Sheng Cheng, Neville R. Kallenbach, and Min Lu. Self-assembly of coiled-coil tetramers in the 1.40 Å structure of a leucine-zipper mutant. Protein Science 2007 Feb; 16(2): 323-328. (IF 2.741)

5.         Jie Liu, Yiqun Deng, Qi Zheng, Chao-Sheng Cheng, Neville R. Kallenbach, and Min Lu. A parallel coiled-coil tetramer with offset helices. Biochemistry 2006 Dec 26; 45(51): 15224-15231. (IF 3.226)

6.         Qi Zheng, Yiqun Deng, Jie Liu, Lia van der Hoek, Ben Berkhout, and Min Lu. Core structure of S2 from the human coronavirus NL63 spike glycoprotein. Biochemistry 2006 Dec 26; 45(51): 15205-15215. (IF 3.226)

7.         Jie Liu, Qi Zheng, Yiqun Deng, Chao-Sheng Cheng, Neville R. Kallenbach, and Min Lu. A seven-helix coiled coil. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2006 Oct 17; 103(42): 15457-15462. (IF 9.771)

8.         Jie Liu, Qi Zheng, Yiqun Deng, Neville R. Kallenbach, and Min Lu. Conformational transition between four- and five-stranded phenylalanine zippers determined by a local packing interaction. Journal of Molecular Biology 2006 Aug 4; 361(1): 168-179. (IF 4.008)

9.         Yiqun Deng, Jie Liu, Qi Zheng, Wei Yong, Min Lu. Structures and polymorphic interactions of two heptad-repeat regions of the SARS virus S2 protein. Structure 2006 May 16; 14(5): 889-899. (IF 6.337)

10.     Yiqun Deng, Jie Liu, Qi Zheng, David Eliezer, Neville R. Kallenbach, and Min Lu. Antiparallel four-stranded coiled coil specified by a 3-3-1 hydrophobic heptad repeat. Structure 2006 Feb 10; 14(2): 247-255. (IF 6.337)

11.     Zhiwen Xu, Shisong Fang, Haifeng Shi, Hoiming Li, Yiqun Deng, Yinglei Liao, Jiun-Ming Wu, Hui Zheng, Huaimin Zhu, Hueih-Min Chen, Shui Ying Tsang, and Hong Xue. Topology characterization of a benzodiazepine-binding β-rich domain of the GABAA receptor α1 subunit. Protein Science 2005 Oct; 14(10): 2622-2637. (IF 2.741)

12.     Jie Liu, Wei Yong, Yiqun Deng, Neville R. Kallenbach, Min Lu. Atomic structure of a tryptophan-zipper pentamer. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 2004 Nov 16; 101(46): 16156-16161. (IF 9.771)

13.     Chris E. Baldwin, Rogier W. Sanders, Yiqun Deng, Suzanne Jurriaans, Joep M. Lange, Min Lu, and Ben Berkhout. Emergence of a drug-dependent human immunodeficiency virus type 1 variant during therapy with the T20 fusion inhibitor. Journal of Virology 2004 Nov 15; 78(22): 12428-12437. (IF 5.189)

14.     Jiayin Dai§, Jie Liu§, Yiqun Deng, Thomas M. Smith and Min Lu. Structure and protein design of a human platelet function inhibitor. Cell 2004 Mar 5; 116(5): 649-659. (Featured Article) (IF 32.401) (§ co-first author)